傅振芳教授主要从事病毒学方面的研究。主要研究方向为：嗜神经病毒病的分子发病机理，负链RNA病毒转录与复制的调控，利用反转遗传学方法研制狂犬病病毒疫苗，抗病毒单抗的研制与开发，病毒分子流行病学及进化，基因组学和蛋白组学。

傅振芳教授在国际重要学术刊物上先后发表学术论文100余篇，其中在《美国科学院刊》（Proceedings of the National Academy of Sciences, USA. PNAS）上发表9篇；在《美国病毒学杂志》（Journal of virology, USA. JV）上发表10篇；主持国内国际学术会议五次，应邀全世界各地做报告80多次；担任《美国兽医研究杂志》（American Journal of Veterinary Research）和《英国医学委员会兽医研究》（BMC Veterinary Research）编委；担任《病毒学杂志》(Journal of Virology)、《蛋白组学》（Proteomics）和《神经病毒学杂志》（Journal of NeuroVirology)等14个杂志的评委；担任10个基金的评委，涵盖美国国立卫生研究院、美国农业部、美国国务院基金、中国自然科学基金、加拿大科技基金委员会等。